除了立法、行政和司法部門之外，韓國政府還設有專門獨立機構，各司其職。
 
憲法規定，憲法法院享有法律違憲審查權、彈劾審判權及解散政黨決定權。憲法法院由九名法官組成，分別由總統、國會和大法院院長各自任命三名法官，憲法法院院長須經國會同意，由總統從九名法官中任命。
 
中央選舉委員會負責確保選舉和全民投票的公平性，並處理政黨和政治資金的相關事務。委員不得加入特定政黨或從事政治活動，任期6年，委員長從委員中互選產生。
 
國家人權委員會致力保護和促進國民的基本人權，確保國民能夠實現人的基本尊嚴和價值。國家人權委員會於 2001年11月成立，反映了國民在韓國民主化進程中迫切希望改善人權的意願。此外，國家人權委員會還負責處理在韓生活或工作的外國人遭受人權侵害和歧視的相關問題